物种间存在广泛的相互作用,包括寄生、共生、竞争等,而普通的转录组只能研究单一物种的信息,不仅浪费一部分数据,而且在分离中也会对样本本身造成一定的影响。
互作转录组(Dual RNA-seq),无需分离互做物种,避免分离造成的干扰,只需构建一个转录组文库,便能同时对2个(或多个)物种进行测序和分析,从而揭示互作物种间基因表达的动态变化。同时,还可以通过互作模型图获得物种间基因的调控关系,得到两物种间的相互作用机制。
该技术适用于研究互作过程中的调控网络、病原菌感染宿主致病机理和宿主抗病的机制;研究致病性菌在不同物种之间的进化关系、基于同源基因进一步发掘正选择相关基因等。
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RNA总量 | RNA总量≥2ug; |
RNA纯度 | OD260/280在1.8-2.0之间,核酸完整无降解。 |
发表时间
| 文章标题
| 杂志名
| 影响因子
| 合作单位
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2020
| Investigation of yellow horn (Xanthoceras sorbifolia Bunge) transcriptome in response to different abiotic stresses: a comparative RNA-Seq study. | RSC Advances
| 3.049 | 东北林业大学
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2020
| Transcriptome Analysis of Ice Plant Growth-Promoting Endophytic Bacterium Halomonas sp. Strain MC1 to Identify the Genes Involved in Salt Tolerance.
| Microorganisms
| 4.167
| 安徽省农业科学院
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