太阳成集团(tyc122cc·中国VIP)官网-GREENMAX

021-31021022 ;13032137192

产品介绍

微生物是一群以分解代谢为主的生物类群,其生物活性十分丰富。16S rDNA基因测序已经成为当前解析原核微生物群落组成及其分布的重要手段。既往研究中,受限于NGS的读长,物种鉴定存在很多不确定性。伴随着三代测序技术的发展,长度长测序技术越来越成为组学研究的主流。Pacbio平台3-5kb的平均读长可以轻而易举地覆盖16s rDNA9个高变区域,获得的序列更长,信息量也更多!16s rDNA全长测序因此成为多样性研究的新热点技术。

基于三代PacBio高通量技术对微生物16S rDNA(真菌ITS、真核生物18S rRNA)全长序列进行测序,物种能够鉴定到“种”水平,同时对样品中的优势物种、稀有物种以及一些未知的物种进行检测,获得样品中的微生物群落组成以及它们之间的相对丰度。探讨微生物多样性对于研究微生物与环境的关系、环境治理和微生物资源的利用有着重要的理论和现实意义。此外,太阳成集团tyc122cc还推出个性化分析服务,如:筛选微生态系统中的关键菌种、微生物群落变化的动态监测、微生物群落共生网络关系等多项个性化分析服务,为您的科研成果锦上添花。


图片1.png



技术优势

1基于三代测序,在同一分类水平下,也可以实现更多的物种分类,更是在种水平物种鉴定中实现了大幅提升,这一点就很大程度满足了微生物学研究者的迫切需求。

图片2.png

16s V4区与全长分类鉴定结果比较

图片3.png

16s不同V区与全长未分类序列占比比较

图片4.png

16s不同V区与全长未分类序列进化树比较


2基于三代技术开展16s全长扩增子研究,有更多的序列得到了明确的物种划分,尤其是针对样本中含量低微的物种,分类鉴定的效果更好。

图片5.png

样本中微量物种的分类识别情况和偏好性16s二代和三代比较


3由于二代测序建库过程中有PCR扩增的步骤,难以避免由于扩增偏好性造成的物种丰度检测的偏差,可能造成某些特定微生物类群含量的检测偏差,这就难以实现对样本中微生物群落分布的真实还原。而三代测序由于不需要PCR的过程,就很大程度上降低了结果的偏差

图片6.png

16s V4区与全长对物种偏好性比较


4通过聚类OTU,并与模拟物种库进行比较,V1-V9区研究实现了对样本的更真实还原,物种的识别和定量是最接近模拟物种库原貌的,这一点说明了基于三代平台的16s全长测序在保真效果上的巨大优势

图片7.png

16s不同V区与全长与模拟物种库进行比较


5利用三代16s全长扩增子测序技术可以清晰的获得菌株在16s全长范围内的单核苷酸变异信息。利用这样的信息,可以更好地对菌株实现区分物种可实现“种”水平分类,结果更加准确

图片8.png


技术流程

PacBio测序(扩增子全长测序):

图片9.png

内容项目引物名称序列扩增产物长度
全长16S全长27F5′-AGRGTTTGATYNTGGCTCAG-3′1.5K
1492R5′-TASGGHTACCTTGTTASGACTT-3′
18S全长EukA5′-AACCTGGTTGATCCTGCCAGT-3′1.8K
EukB5′-GATCCTTCTGCAGGTTCACCTAC-3
ITS全长ITS15′- CTTGGTCATTTAGAGGAAGTAA-3′0.6-0.7K
ITS45′- TCCTCCGCTTATTGATATGC-3′



分析流程

流程图.png



送样要求


样本类型1:环境样本(请使用干冰或者冰袋运送)

1)土壤≥5g

2)粪便≥2g

样本类型2DNA样品(请使用干冰或者冰袋运送)

1DNA总量1ug

2)浓度20ng/ul



分析示例


三代全长扩增子.png



部分太阳成集团tyc122cc客户文章


发表时间

文章标题

杂志名

影响因子

合作单位

2023

Cadmium-resistant phosphate-solubilizing bacteria immobilized on phosphoric acid-ball milling modified biochar enhances soil cadmium passivation and phosphorus bioavailability

Science of the Total

Environment

9.8

四川农业大学

2023

Climate and geochemistry at different altitudes influence soil fungal community aggregation patterns in alpine grasslands

Science of the Total

Environment

9.8

兰州大学资源环境学院环境科学研究所

2023

Polymeric immunoglobulin receptor deficiency exacerbates autoimmune hepatitis by inducing intestinal dysbiosis and barrier dysfunction

Cell Death and Disease

9

温州医科大学

第一附属医院

2023

Short-term response of soil enzyme activities and bacterial communities in black soil to a herbicide mixture: Atrazine and Acetochlor

Applied Soil Ecology

5.509

东北农业大学

2023

Monitoring and identification of spoilage-related microorganisms in braised chicken with modified atmosphere packaging during refrigerated storage

Food Science and

Human Wellness

8.022

南京农业大学

2023

Polymeric immunoglobulin receptor deficiency exacerbates autoimmune hepatitis by inducing intestinal dysbiosis and barrier dysfunction

Cell Death and Disease

9.685

温州医科大学

第一附属医院

2023

Anti-virulence activity of novel (1-heteroaryloxy-2- hydroxypropyl)- phenylpiperazine derivatives against both wild-type and clinical drug-resistant Candida albicansstrains

Microbial

Biotechnology

6.575

广州医科大学

2023

Traditional Chinese medicines (TCMs) with varied meridians (Gui-Jing) differentially alleviate the adverse impact of Coptis chinensis on gut microbiota

Journal of

Ethnopharmacology

5.195

天津中医药大学

中医学院

2023

Clostridium butyricum Prevents Dysbiosis and the Rise in Blood Pressure in Spontaneously Hypertensive Rats

International Journal of Molecular Sciences

5.923

中国海洋大学

2023

Cadmium-resistant phosphate-solubilizing bacteria immobilized on phosphoric acid-ball milling modified biochar enhances soil cadmium passivation and phosphorus bioavailability

Science of the Total

Environment

9.8

四川农业大学

2023

Degradation potential and pathways of methylcyclohexane by bacteria derived from Antarctic surface water

Chemosphere

8.943

海洋生物资源与

环境研究中心

2023

In Vitro Antifungal Activity of Azoles and Other Antifungal Agents Against Pathogenic Yeasts from Vulvovaginal Candidiasis in China

Mycopathologia

5.5

中国医学科学院

皮肤病医院

2023

Synthesis of an autochthonous microbial community by analyzing the core microorganisms responsible for the critical flavor of bran vinegar

Food Research

International

8.1

四川轻化工大学

2023

Association of periodontitis and tooth loss with extent of coronary atherosclerosis in patients with type 2 diabetes mellitus

Frontiers in

Endocrinology

5.2

上海同济大学医学院

2023

Arthrospira   promotes plant growth and soil properties under high salinity environments

Frontiers in Plant

Science

5.6

中国科学院

2022

ETS-1 facilitates Th1 cell-mediated mucosal inflammation in inflammatory bowel diseases through upregulating CIRBP

Journal of

Autoimmunity

14.511

同济大学医学院

上海第十人民医院

2022

Bacterial dynamics of drinking water pipeline: A new perspective on dual effects of stagnation and algal organic matter

Water Research

13.4

西安建筑技术大学

2022

Bacterial community structure and metabolic activity of drinking water pipelines in buildings: A new perspective on dual effects of hydrodynamic stagnation and algal organic matter invasion

Water Research

13.4

西安建筑技术大学

2022

Small Intestine-specific Knockout of CIDEC Improves Obesity and Hepatic Steatosis by Inhibiting Synthesis of Phosphatidic Acid

International Journal of Molecular Sciences

10.75

广西大学

2022

Linarin ameliorates dextran sulfate sodium-induced colitis in C57BL/6J mice via the improvement of intestinal barrier, suppression of inflammatory responses and modulation of gut microbiota

Food & Function

6.317

西北农林科技大学

2022

Heat Stress Weakens the Skin Barrier Function in Sturgeon by Decreasing Mucus Secretion and Disrupting the Mucosal Microbiota.

Frontiers in

Microbiology

6.064

四川农业大学

2022

The Gut Microbial Co-Abundance Gene Groups (CAGs) Differentially Respond to the Flavor (Yao-Wei) of Chinese Meteria Medica

American Journal of

Chinese Medicine

6.005

天津中医药大学