发现和鉴定新病毒以及确定新病毒与疾病的关系是预防、诊断和治疗新发病毒性传染病的首要任务。高通量测序技术突破了传统技术方法的局限，可以直接以标本中所有的遗传物质为研究对象，从而能够快速地鉴定出标本中存在的病毒，形成了一门研究特定环境中病毒群落的新兴学科：病毒宏基因组学（宏病毒组）。
传统意义上有很多用于发现新病毒的方法，如病毒分离、核酸检验、血清学试验等，但它们都有一定的局限性。但利用高通量测序发现新病毒具有信息量大、对标本所含信息无偏倚、操作较简单、检测成本较低等独特优点，使得该技术已成为目前病毒发现的重要技术之一，其在病毒诊断、溯源、预警等方面具有实用意义。
病毒宏基因组测序，又叫宏病毒组测序（Virome），是直接以环境样本中所有病毒的遗传物质为研究对象，进行病毒分析生物学检测的技术，能够快速准确的鉴定出环境中所有病毒的组成，在病毒发现、病毒溯源、微生物预警研究等方面有重要作用。
2018年，全球病毒组计划 (The Global Virome Project) 启动，旨在鉴定出地球上大部分未知病毒。丰富病毒参考数据库如NCBI、JGI，构建新的海洋病毒数据库（GOV）。病毒组序列鉴定分类，对于研究病毒与宿主功能互作意义重大！
样本类型 | 体积或质量
| 可检测核酸范围（纳克） |
海水DNA病毒 | 100升 | 20-200 |
人类粪便DNA病毒 | 500毫克 | 500-3000 |
人类粪便RNA病毒 | 500毫克 | 140-500 |
海洋沉积物DNA病毒 | 1克 | 50-100 |
微生物DNA病毒 | 1克 | 50-100 |
珊瑚组织DNA病毒 | 1克 | 60-100 |
| 发表时间 | 文章标题 | 杂志名 | 影响因子 | 合作单位 |
| 2023 | Diversity and function of mountain and polar supraglacial DNA viruses | Science Bulletin | 18.9 | 兰州大学泛第三极环境中心 |
| 2020 | Doubling of the known set of RNA viruses by metagenomic analysis of an aquatic virome | nature microbiology(nm) | 17.745 | 俄勒冈州立大学&上海海洋大学 |
| 2023 | Rhizosphere phage communities drive soil suppressiveness to bacterial wilt disease
| Microbiome | 16.837 | 南京农业大学 |
| 2023 | Combined virome analysis and metagenomic sequencing to reveal the viral communities and risk of virus-associated antibiotic resistance genes during composting | Journal of Hazardous Materials | 13.6 | 中国热带农业科学院 |
| 2023 | Virus impacted community adaptation in oligotrophic groundwater environment revealed by Hi-C coupled metagenomic and viromic study | Journal of Hazardous Materials | 13.6 | 南方科技大学 |
| 2023 | Virome reveals effect of Ulva prolifera green tide on the structural and functional profiles of virus communities in coastal environments | Science of the Total Environment | 9.8 | 清华大学深圳研究生院 |
| 2024 | Phages in sludge from the A/O wastewater treatment process play an important role in the transmission of ARGs | Science of the Total Environment | 9.8 | 聊城大学 |
| 2024 | The bacteriome-coupled phage communities continuously contract and shift to orchestrate the traditional rice vinegar fermentation | Food Research International | 8.1 | 浙江工商大学 |
| 2024 | The bacteriome-coupled phage communities continuously contract and
shift to orchestrate the traditional rice vinegar fermentation | Food Research International | 8.1 | 浙江省工商大学 |
| 2022 | Virioplankton assemblages from Challenger Deep, the deepest place in the oceans | iScience | 7.396 | 中国海洋大学 |
| 2022 | Diversity and potential functional characteristics of phage communities colonizing microplastic biofilms | Environmental Research | 6.498 | 河海大学 |
| 2021 | Saline lakes on the Qinghai-Tibet Plateau harbor unique viral assemblages mediating microbial environmental adaption | iScience | 5.458 | 中国海洋大学 |
